为保障存款保险基金的安全，条例对存款保险基金的运用形式作了适当限制，规定存款保险基金的运用遵循安全、流动和保值增值的原则，限于存放中国人民银行，投资政府债券、中央银行票据、信用等级较高的金融债券及其他高等级债券，以及国务院批准的其他资金运用形式。同时，为做到风险的早发现和少发生，借鉴国际上比较成功的做法，在不改变现行银行业监督管理体制的前提下，按照存款保险基金管理机构与银行业监督管理机构适当分工、各有侧重的原则，赋予存款保险基金管理机构早期纠正和风险处置职能。

主要包括：对于和保费计算有关的情况进行核查，对投保机构报送的信息、资料的真实性进行核查；参加金融监管协调机制，通过信息共享获取相关信息，不能满足控制存款保险基金风险、保证及时偿付、确定差别费率等需要的，可以要求投保机构及时报送其他相关信息；发现投保机构存在资本不足等影响存款安全以及存款保险基金安全的情形的，可以对其提出风险警示；在投保机构的资本充足率大幅度下降，严重危及存款安全以及存款保险基金安全时，可以采取必要的风险纠正措施。这意味着，条例规定的存款保险基金不是单纯的出纳或者“付款箱”。

此外，为减少存款保险基金的损失，并与现行法律做好衔接，条例还规定，存款保险基金管理机构在处置问题投保机构时，既可以直接偿付，也可以灵活运用委托偿付、支持合格投保机构收购或者承担问题投保机构资产负债等方式，充分保护存款人利益，实现基金使用成本最小化，在快速、有效处置金融风险的同时，确保银行业正常经营和金融稳定。